W 1946 roku Pracownia Ceramiki przy Dziale Archeologii, zajmująca się porządkowaniem zbiorów zabytków wykopaliskowych, zainicjowała działalność konserwatorską w Muzeum Narodowym w Szczecinie, wówczas Muzeum Pomorza Zachodniego. W 1956 roku utworzono Pracownię Konserwacji Zabytków przy Dziale Sztuki. Rozpoczęto wówczas działania profilaktyczne i konserwatorskie w zakresie ochrony zbiorów sztuki, zwłaszcza średniowiecznej i nowożytnej. W 1960 roku utworzono Pracownię Drewna i Metalu przypisaną do Działu Morskiego. W 1971 roku pracownie konserwatorskie zostały merytorycznie zintegrowane i utworzono Dział Konserwacji Zabytków. W 1990 roku pracownie konserwatorskie zlokalizowano w pawilonie na Wałach Chrobrego i przemianowano na Dział Konserwacji Zbiorów. Pod koniec 1990 roku powołano Pracownię Konserwacji Papieru i Skóry, a w 1994 roku rozpoczęto systematyczną konserwację obiektów kamiennych. W 2008 roku powstała Pracownia Konserwacji Mebli, która przejęła opiekę nad zbiorami mebli, broni, makiet oraz modeli statków i okrętów.