W 1946 roku w strukturze organizacyjnej Instytutu Bałtyckiego w Szczecinie powołano Muzeum Morskie. W 1950 zostało ono oddziałem późniejszego Muzeum Narodowego. Przejęło część zbiorów Muzeum Miejskiego (Stadtmuseum) i Pomorskiego Muzeum Krajowego (Pommersches Landesmuseum). W ramach nowej jednostki utworzono modelarnię, gabinet przyrodniczy i etnograficzny. Ważną część zbiorów stanowiły eksponaty z pierwszego polskiego muzeum morskiego założonego w 1934 roku przez Stanisława Ledóchowskiego. Przejęto kilka modeli jednostek pływających, matryce drukarskie, szklane negatywy, archiwalia, wydawnictwa.
Zbiory
Technika okrętowa
W Muzeum znajduje się kilkadziesiąt elementów z wyposażenia s.s. Kapitan K. Maciejewicz, przede wszystkim żuraw bomowy, eksponowany niegdyś jako pomnik w śródmieściu Szczecina, windy parowe, agregaty prądotwórcze, maszyny parowe, urządzenia sterowe, drobne wyposażenie z różnych jednostek, a także kompletne wyposażenie mostka kapitańskiego parowca s.s. Poznań.
Jednostki pływające
W zbiorach znajdują się dwie jednostki pływające: kuter rybacki Swi 38 (typ KU 131), zbudowany w 1950 roku w Ustce, i szalupa ratunkowa z s.s. Poznań.
Urządzenia portowe
Najważniejszymi eksponatami są trzy żurawie bramowe pochodzące z lat 20. ubiegłego wieku, eksponowane przy Nabrzeżu Starówka, stanowiące atrakcję turystyczną Szczecina.
Modele jednostek pływających
W zbiorach znajduje się kilkaset modeli jednostek pływających zbudowanych w różnej skali i różnym czasie, od XIX wieku do lat współczesnych. Najważniejsze miejsce zajmują modele z muzeum Stanisława Ledóchowskiego, w tym model statku pasażerskiego s.s. Polonia.
Do bardzo rzadkich należy pochodzący z początku XX wieku tzw. model połówkowy jachtu Kaiser Wilhelm, jedna z niewielu pozostałości po szczecińskich zakładach Vulcan.Ważne dla tożsamości mieszkańców regionu są modele jednostek wyprodukowanych w stoczniach Szczecina (stoczni im. Adolfa Warskiego, stoczni Nowa sp. z o.o., Morskiej Stoczni Jachtowej im. Leonida Teligi).
Inne modele
Unikatowym obiektem jest pochodzący z początku XX wieku, wykonany w skali 1:2 z drewna świerkowego „działający” model okrętowej maszyny parowej. Służył celom dydaktycznym.
Urządzenia nawigacyjne
W zbiorach znajdują pochodzące z XVIII wieku oktanty oraz sekstanty różnej produkcji, od dziewiętnastowiecznych po współczesne, zbiór kompasów (magnetycznych, żyrokompasów, słonecznych i astrokompasów), chronometrów, namierników, radarów i map nawigacyjnych.
Zbiory techniczne
Najcenniejsza w zbiorach technicznych jest kolekcja radioodbiorników lampowych z pierwszej połowy XX wieku. Kilka z nich pochodzi z najsłynniejszej polskiej fabryki okresu międzywojennego Elektrit w Wilnie. Wśród obiektów znajdują się ponadto aparaty fotograficzne, przyrządy pomiarowe, odbiorniki telewizyjne itp.